Les choses vont en se simplifiant, allez dans le dossier de Bob :

cd ../Bob/

Voici la commande qui permet de cloner le dépos d'Alice (qui est dans Repository) dans celui de Bob :

git clone ../Repository/Alice.git/
Clonage dans 'Alice'...
fait.

Regardons le résultat :

ls
Alice

Euh, et le fichier main.cpp ? il est dans le dossier Alice ?

Oui, ce n'est pas forcément une bonne chose d'avoir appelé le projet Alice, mais comme ça vous le savez.

Allons voir ce fichier main.cpp :

cd Alice

Nous avons le bon fichier :

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#include <iostream>

using namespace std;

int main(int argc, char** argv){
	cout << "Super projet à sauvegarder" << endl;
	return 0;
}

Et nous avons nous aussi un dossier .git :

ls -a
.  ..  .git  main.cpp

Arrêtons nous un instant.